>> レジストリの設定変更とかあるのでしょうか？ Windows98,98SEでは、終了時にいくつかの問題点が報告されています。 下のリンクにMicrosoftのサポート技術情報があります。 該当する症状がいくつか掲載されてますのでご覧下さい。 なお、通常なら2番目の「PCのシャットダウン」で終了します。
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb%3bja%3b879439